Além da grandiosidade dos Vitrais da Catedral da Sé, existe uma diversidade muito grande de técnicas e autores, o que dificulta o restauro como um todo. Cada autor, no decorrer da confecção dos Vitrais da Catedral, optou por uma certa técnica e utilização de materiais.
Os procedimentos de restauro não são únicos para todo o conjunto, e sim, individualizados para cada caso específico de acordo com cada técnica e materiais originais das peças.
Outro desafio na mais importante Catedral de São Paulo tem sido o processo de impermeabilização e vedação das áreas vítreas. Melhorar a acústica, minimizando os ruídos externos, tem sido também outro obstáculo vencido no decorrer das obras de restauro, juntamente com a proteção contra vandalismo e impactos acidentais causados por pássaros.
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