Instalado em um edifício do século XVIII, o museu apresentava sérios problemas quanto à ação de insetos xilófagos.

Os conjuntos de portas, janelas e batentes em madeira estavam extremamente deteriorados, comprometendo a estrutura das aberturas do edifício. Todo o madeiramento comprometido foi substituído por partes de madeira nova através de um sistema de cavilhamento e contrapinagem, técnicas presentes originalmente na edificação e resgatadas durante o restauro.

O museu apresentava, também, sérios problemas quanto à insolação e incidência de raios ultravioleta sobre suas peças expostas. Este problema foi solucionado com a diminuição de mais de 90% da incidência dos raios ultravioleta sem que isso descaracterizasse o conjunto arquitetônico.